20 世紀(jì)80 年代，隨著分子生物學(xué)技術(shù)飛速發(fā)展，尤其是PCR 擴增技術(shù)的出現(xiàn)以及對古DNA研究的深入，考古學(xué)家和分子生物學(xué)家將以古DNA研究為主導(dǎo)的現(xiàn)代分子生物學(xué)引入傳統(tǒng)考古學(xué)研究領(lǐng)域，并逐漸形成了新興的邊緣交叉學(xué)科——分子考古學(xué)（Molecular Archaeology）。分子考古學(xué)是指利用分子生物學(xué)技術(shù)，對出土的古代的任何可研究對象（包括人類、動物、植物以及微生物）進行分子水平上的考古研究。分子考古學(xué)通過比較古生物和現(xiàn)代生物之間遺傳的差異和聯(lián)系，在古代和現(xiàn)代生物的譜系關(guān)系研究、瀕危物種的保護、人類的起源與進化、模擬人類遷移路線、墓葬個體間親緣關(guān)系、墓葬群體關(guān)系（族屬）研究、人類遺存的性別鑒定、古病理與飲食研究、動植物的家養(yǎng)和馴化過程、農(nóng)業(yè)的起源和早期發(fā)展等方面發(fā)揮獨特的作用。根據(jù)標(biāo)本的物理特性，古DNA 研究材料可分為軟組織（soft tissues，包括毛發(fā)等）、硬組織（hard tissues）和化石（fossil）。古DNA實驗必須在專門從事古DNA的實驗室進行。下面用兩個例子，分別簡單地介紹古DNA在考古遺址出土人骨、動物骨骼研究中的應(yīng)用。

 

　　考古研究中，墓主人的性別、年齡等信息對于了解其身份等非常重要，通常性別鑒定可以由體質(zhì)人類學(xué)家通過對骨骼的性別特征進行識別，但對于破損嚴(yán)重的骨骼和未成年個體，單純的形態(tài)觀察存在一定局限性。DNA技術(shù)可以幫助進行準(zhǔn)確的性別鑒定。陜西省臨潼零口墓地M21，距今7300~7270年，體質(zhì)人類學(xué)鑒定墓主人年齡為15~17歲，性別存在爭議，骨骼嚴(yán)重損傷，表明墓主人死于一次殘酷的暴力事件。DNA結(jié)果顯示M21墓主人為一女性個體。從遺傳結(jié)構(gòu)上看M21可能是當(dāng)?shù)氐耐林用瘛?/div>